JGITcheckout失败（java如何调用gitbash

       不知牛客上有没有牛友用过JGIT啊？就是git在Java里的一个API包，最近写Java项目需要能与git项目交互就用了它。然而真是问题多多，主要是我需要在不同的版本间切换，就频繁的用到checkout命令。可是checkout.call之后经常会出现checkout conflict with files的问题，后面还有一个原因多半是caused by missing unknown object xxxxxx（这是commit id号）。百度谷歌无果，上面都是pull啦merge啦之类的会出现这种情况，我的项目完全就是从github上clone下来的，作为数据源，并没有修改过，不可能出现本地修改保存在暂存区什么的情况，非常困扰了。问过别人，说有可能是某次checkout没执行完后面的代码就执行了，然而有的项目直接是第一次checkout某一分支就出现问题，下面代码都没走进去的，有的是执行了好多次checkout后突然某次不行，不知道有没有能控制它执行完再继续的办法呢？求解决这个bug，如果是项目本身的问题也没办法了·······另外，一个替代方法是用Java里的runtime。exec执行git-bash，然而用ouputstream好像也没能把我要的几个命令输入给bash控制台，有人知道怎么在Java里控制gitbash吗？求助求助~~感激不尽