DNA序列

import java.util.Scanner;
import java.util.HashMap;

// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        // 注意 hasNext 和 hasNextLine 的区别
        while (in.hasNext()) { // 注意 while 处理多个 case
            String str = in.nextLine();
            int len = in.nextInt();
            in.nextLine();
            double maxScore = 0;
            HashMap<Character, Integer> map = new HashMap<>();
            String res = "aa";
            for (int i = 0; i < str.length(); i++) {
                char c = str.charAt(i);
                if (i < len - 1) {
                    map.merge(c, 1, Integer :: sum);
                    continue;
                }
                map.merge(c, 1, Integer :: sum);
                if (map.containsKey('C') && map.containsKey('G')) {
                    double nowScore = (map.get('C') + map.get('G')) * 1.0 / len;
                    if (nowScore > maxScore) {
                        res = str.substring(i - len + 1, i + 1);
                        maxScore = nowScore;
                    }
                }
                char needDelete = str.charAt(i - len + 1);
                map.merge(needDelete, -1, Integer :: sum);
                if (needDelete == 0) {
                    map.remove(needDelete);
                }
            }
            System.out.print(res);
        }
    }
}

import java.util.*;

// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        // 注意 hasNext 和 hasNextLine 的区别
        while (in.hasNextLine()) { // 注意 while 处理多个 case
            String str = in.nextLine();
            int n = in.nextInt();
            in.nextLine(); // 消耗掉nextInt()后的换行符
            int strLen = str.length();
            // 处理边界情况
            if (!isVaild(str, n)) {
                System.out.println("");
                continue;
            }
            int max = 0;
            String maxString = null;
            for (int i = 0 ; i <= strLen - n ; i++ ) {
                String temp = str.substring(i, i + n); //截取n位的字符串
                int count = 0;
                for (char c : temp.toCharArray()) {
                    if (c == 'G' || c == 'C') {
                        count++;
                    }
                }
                if (count > max) {
                    max = count;
                    maxString = temp;
                }
            }
            System.out.println(maxString);
        }
    }
    //验证字符串中是否只含有ACGT四种字母
    private static boolean isVaild(String str, int n) {
        if (str.length() < n || n <= 0 || n > 1000 || str.length() < 0) {
            return false;//字符串长度不合格或者n不合格
        }
        for (char c : str.toCharArray()) {
            if (c != 'A' && c != 'C' && c != 'G' && c != 'T') {
                return false;//不是只含有ACGT字母
            }
        }
        return true;//通过校验，返回true
    }
}

import java.util.Scanner;

// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        // 注意 hasNext 和 hasNextLine 的区别
        while (in.hasNext()) { // 注意 while 处理多个 case
            String a = in.nextLine();
            int b = in.nextInt();
            double gcRatio = 0;
            String maxStr = "";
            for (int i = 0; i <= a.length() - b; i++) {
                String s = a.substring(i, i + b);
                if (s.contains("ACG") || s.contains("CGT") || s.contains("CG")) {
                    char[] ss = s.toCharArray();
                    int count = 0;
                    for (int k = 0; k < ss.length; k++) {
                        if (ss[k] == 'G' || ss[k] == 'C') {
                            count++;
                        }
                    }
                    double rr = (double) count / b;
                    if (rr > gcRatio) {
                        gcRatio = rr;
                        maxStr = s;
                    }
                }
            }
            System.out.println(maxStr);
        }
    }
}

import java.util.Scanner;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        String s=in.nextLine();
        int n=in.nextInt();
        int max=0;
        String res="";
        if(s.length()<=n){
            res=s;
        }
        for(int i=0;i<s.length()-n;i++){
            String s1=s.substring(i,i+n);
            String s2=s1.replaceAll("[^CG]","");
            if(s2.length()>max){
                max=s2.length();
                res=s1;
            }
        }
        System.out.println(res);
    }
}

计算子串GC个数即可，因为n固定，个数最多的即比率最大的

import java.util.Scanner;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        String s = in.next();
        int n = in.nextInt();
        int max = 0, index = 0;
        for (int i = 0; i + n < s.length(); i++) {  // G、C个数最多的子串
            int cnt = n - s.substring(i, i + n).replaceAll("[GC]", "").length();
            if (cnt > max) {
                max = cnt;
                index = i;
            }
            if (cnt == n) break;
        }
        System.out.print(s.substring(index, index + n));
    }
}

import java.util.Scanner;

// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        String s = sc.next();
        int n = sc.nextInt();
        int max = 0;
        String rs = "";
        for (int i = 0; i < s.length() - n + 1; i++) {
            String temp = s.substring(i, i + n);
            int count = 0;
            for (char c : temp.toCharArray()) {
                if (c == 'G' || c == 'C') {
                    count++;
                }
            }
            if (count > max) {
                max = count;
                rs = temp;
            }
        }
        System.out.println(rs);
        sc.close();
    }
}

import java.util.Scanner;

// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        String seq = in.next();
        int len = in.nextInt(), index = -1;
        double max = 0;
        for (int i = 0; i < seq.length() - len; i++) {
            if (max < getGCRatio(seq.substring(i, i + len))) {
                index = i;
                max = getGCRatio(seq.substring(i, i + len));
            }
        }
        if (index >= 0) {
            System.out.print(seq.substring(index, index + len));
        } else {
            System.out.print(seq);
        }
    }

    public static double getGCRatio(String seq) {
        double count = 0;
        for (char c : seq.toCharArray()) {
            if (c == 'C' || c == 'G') {
                count++;
            }
        }
        return count / seq.length();
    }
}

import java.util.Scanner;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.util.*;
// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        String line = br.readLine();
        int n = Integer.parseInt(br.readLine());

        // 业务场景为存取有序，所以使用linkedHashMap
        LinkedHashMap<String, Double> map = new LinkedHashMap<>();
        for (int i = 0; i <= line.length() - n; i++) {
            String sub = line.substring(i, i + n);
            map.put(sub, getGCRatio(sub));
        }

        // 计算最大值
        Collection<Double> values = map.values();
        double max = Collections.max(values);

        // 遍历找出第一个gc最大的字符串
        for (Map.Entry<String, Double> entry : map.entrySet()) {
            double value = entry.getValue();
            String key = entry.getKey();
            if (value == max) {
                System.out.println(key);
                break;
            }
        }
    }


    /**
     * 计算一个字符串GC的比例
     *
     * @param line
     * @return
     */
    private static double getGCRatio(String line) {
        int count = 0;
        for (int i = 0; i < line.length(); i++) {
            char c = line.charAt(i);
            if (c == 'C' || c == 'G') {
                count++;
            }
        }

        return count * 1.0 / line.length();
    }
}

import java.util.Scanner;

// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        // 注意 hasNext 和 hasNextLine 的区别
        String str=in.nextLine();
        int num=in.nextInt();
        double maxRatio=0.0;
        //符合题目答案要求的开始索引
        int index=0;
        //计算答案
        for(int i=0;i<str.length()-num;i++){
            String strTmp=str.substring(i,i+num);
            //G,C出现的次数
            int sum=0;
            //求当前的GC-Ratio
            double ratio=0.0;
            for(int j=0;j<strTmp.length();j++){
                if(strTmp.charAt(j)=='G'){
                    sum++;
                }
                if(strTmp.charAt(j)=='C'){
                    sum++;
                }
            }
            //获取GC-Ratio
            ratio=Double.valueOf(sum)/Double.valueOf(num);
            //如果GC-Ratio大于最大GC-Ratio，就更新
            if(ratio>maxRatio){
                index=i;
                maxRatio=ratio;
            }
        }
        System.out.print(str.substring(index,index+num));
    }
}

//使用前缀和优化，时间复杂度O(N)


import java.util.Scanner;

// 注意类名必须为 Main, 不要有任何 package xxx 信息
public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        // 注意 hasNext 和 hasNextLine 的区别
        String dna = in.next();
        int n = in.nextInt();
        int [] prefixSum = new int[dna.length()+1];
        for(int i=0; i<dna.length(); i++){
            if(dna.charAt(i) == 'G' || dna.charAt(i) == 'C'){
                prefixSum[i+1] = prefixSum[i] + 1;
            }else{
                prefixSum[i+1] = prefixSum[i];
            }
        }
        int maxStartIndex = 0, maxGCNum = 0;
        for(int i=0; i<=dna.length()-n; i++){
            if(prefixSum[i+n]-prefixSum[i] > maxGCNum){
                maxGCNum = prefixSum[i+n]-prefixSum[i];
                maxStartIndex = i;
            }
        }
        System.out.println(dna.substring(maxStartIndex,maxStartIndex+n));

    }
}

import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

public class Main {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        String s = reader.readLine();
        int k = Integer.parseInt(reader.readLine());
        Main main = new Main();
        List<String> list = new ArrayList<>();
        main.getSubStr(s, list,k);
        int[] ratio = new int[list.size()];
        int max = 0;
        for (int i = 0; i < list.size(); i++) {
            int num = 0;
            String temp = list.get(i);
            for (int j = 0; j < temp.length(); j++) {
                if (temp.charAt(j) == 'G' || temp.charAt(j) == 'C') {
                    num++;
                }
            }

            max = Math.max(max, num);
            ratio[i] = num;
        }
        for (int i = 0; i < ratio.length; i++) {
            if (max == ratio[i]) {
                System.out.println(list.get(i));
                break;
            }
        }
    }

    public void getSubStr(String s, List<String> list, int k) {
        for (int i = 0; i <= s.length() - k; i++) {
            list.add(s.substring(i, i + k));
        }
    }
}