VASP 各类计算的步骤及其批处理的shell脚本

将.xsd后缀的文件批量生成VASP输入文件并进行计算。

步骤:

  1. 将.xsd后缀文件导入到服务器中
  2. 进入.xsd文件夹中
  3. xsd2pos 命令,将.xsd后缀文件转化为**_POSCAR文件
  4. 删除文件夹中的.xsd文件
  5. 创建**_POSCAR前缀同名的文件夹
  6. 将**_POSCAR文件转移到同名文件夹中
  7. 将需要的INCAR文件导入到对应的文件夹
  8. 根据对应的精度创建KPOINTS文件(顺带会生成POTCAR文件)
  9. 四个输入文件齐全,提交任务计算
  10. 返回原目录,等待计算完成

SHELL脚本如下:

python **dir/xsd2pos.py;
Origin=$(find *_POSCAR)
for i in $@;
do 
	str=Counterpart_${i};
	mkdir ${str};
	cp $Origin "${str}/POSCAR";
	cd ${str};
	sed -i "6s/${1}/${i}/g" POSCAR;
	cp /project/zyjiang/InputFile/INCAR_Geo INCAR;
	vaspkit -task 102 -kps G -kpr 0.04;
	sbatch -p pub Subvasp;
	cd $OLDPWD;
done

注意:

  1. sbatch部分可以添加直接完成计算,也可以生成了对应文件夹后,自己手动提交任务。
  2. 各类计算步骤主要的INCAR文件由自己写的模版给出。
  3. KPOINTS文件由vaspkit 生成,也可以直接复制原本做好KPOINTS模版。
  4. POTCAR文件由vaspkit读取POSCAR各原子后自动生成。
  5. 这个脚本有各种缺点,比如不能实现多步计算的步骤,如果文件夹中有其它文件也可能出现各种错误。但是相比于手动计算,已经节省了很多的无意义的重复劳动。
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